十六届五中全会提出了新农村建设，这是关乎中国未来发展的重大战略决策。在农村经济、政治不断向好的方向发展的同时，我们 也必须看到，当前在新农村建设中，还存在着多个制约因素。
第一，近几年粮食价格在高位上下降的可能性要远远大于上升的可能性。首先，从世界看，根据联合国粮农组织发布的《世界粮食展望报告》，2004年末世界粮食库存比上年增加了5562万吨，增长了14.3%，库存粮占世界年度消费量的20.2%，高于公认的18%粮食安全线。2005年全球粮食又增产。这将使世界粮食市场价格呈现下降趋势，重新回归国际价格低于国内价格的常态。其次，从国内看，在粮食高价格的刺激和中央“三农”政策支持下，目前2亿多农户的种粮积极性都比较高，他们不但增加种粮的投入，而且还扩大种植面积和复种指数，去年产粮9600亿斤。根据粮食生产周期预计，未来2－3年粮食继续增产，必然会带来市场价格的波动，引起粮价下降。因此，粮价下降会直接制约农民收入的增加，局部地区会出现粮食过剩和卖粮难问题。减轻农民负担的好处是800亿元/年，如果粮食、棉花、油料价格下降10％，农民收入将减少2000亿元以上。
第二，农业生产资料价格和农村消费品价格同时上涨，直接增加了农民生产生活成本，并影响农民的收入。尽管政府利用各种手段限制农业生产资料价格上涨，比如给化肥企业补贴，严格监督和控制化肥价格上涨。但从目前的农村市场看，化肥、农膜和种子等农业生产资料价格还是上涨了。2004年较2003年农业生产资料价格综合指数上升了9%；2005年，主要农用生产资料价格与2004年同期相比，总体呈增长态势。从消费品价格来看，2004年以来农村消费品价格上涨幅度一直要高于城镇1—1.5个百分点。去年以来，这种趋势还在继续。据计算，农民消费资料价格每上涨一个点，每位农民要多支出16元，如果农民比市民的消费价格指数高出1.5个百分点，农民为此一年要比市民多花费25元。
第三，农业税免征后也面临一些新的问题和矛盾。实行农业税免征，极大地调动了农民种田务农的积极性，也使乡镇及村组干部从过去向农民收税的矛盾焦点上解脱出来，但由于农村基本制度还是“以农补工”时期留下来的，与之衍生相伴也出现了一些新的矛盾和问题。
一是农民土地矛盾纠纷急剧增多。农村土地二轮承包是在1997年进行的，当时由于种地少有利润或亏本，不少农民外出打工没有参与分地，大片的“撂荒地”承包给了种粮大户。现在农民种田实现了“零负担”，土地收益大大提高，一些地方出现了农民工返乡争田要地的潮流（“民工荒”的原因之一）。于是出现了“种粮大户依据《合同法》保卫自己的土地经营权，失地农户依据《土地承包法》保护自己的土地承包权”的法律打架局面，以致矛盾双方层层上访，甚至大动干戈，酿成恶性案件，严重影响了农村稳定。另外，由于种粮收益提高，加上“增人不增地，减人不减地”的法律化，不少地方毁林复垦抬头，生态环境遭到破坏。
二是乡镇及村组干部的职能和角色转换尚未及时到位。乡镇财政所随着农业税全部免征，工作量大大减少，人浮于事的现象较为突出。而农村却有很多的事情，如乡村公共基础设施建设、技术服务、合作医疗、养老、乡村规划、社会治安、环境保护等没有相应的财政支持，更没有人管。过去依靠农业税支撑的农村公共服务体系，正处于崩溃之中。
三是村级自治组织正常运转困难。农业税全免后，财政收入渠道更加变窄，刚性支出又必须确保，加剧了乡镇财政收支矛盾。村级组织支出成为无米之炊，村民自治组织缺失财政基础，农村民主自治难以运转。另外，村组公路兴修维护、农田水利基本建设、学校设施改造、村级卫生防疫保健等基础设施和公益事业也因没有经费投入而一拖再拖，陷入停滞状态。
四是基层债务沉重，成为农村不安定的重要因素。最近一些农业问题专家开列了这样一组数字：中国乡镇政府的财政债务每年以200多亿元的速度递增，预计当前的乡镇基层债务额超过5000亿元；其中乡镇一级净负债超过2300亿元，村级预计达2500亿元。如果考虑到县级财政和乡镇财政的比例，那么县以下（含县）的基层债务总额超过8000亿元。基层债务眼前还没有找到化解的办法，新一轮的讨债高峰必将在中国农村上演，至于闹出一些什么故事还无法预测，但债务必将导致农村新的私有化浪潮和不安定。
第四，中央财政转移支付的路径、资源配置方式、资金使用管理低效。随着农业税的取消，中央逐年加大了对三农的转移支付力度。但由于体制改革跟不上，存在的问题也是“触目惊心”的。
一是转移支付“雁过拔毛”，路损严重。2004年中央对三农转移支付2626亿元，2005年超过3000亿元，按照7亿农村人口计算，人均430元多；2004年中央和地方政府的各类扶贫资金350亿多元，2005年超过429元，按照国家公布的2600万贫困人口，人均1500多元。但是，中央对三农的转移支付的过程中“路损”巨大，100元从北京出发，到农村仅剩30元。据对云南、贵州5个国家级贫困乡的调查，2万人的乡镇，每年实际得到转移支付的扶贫资金和农业扶持资金，一般在300万元左右，人均150元左右。
在中央财政转移支付环节上，“权力寻租”行为普遍存在。主要表现是：（1）中央级财政转移支付环节上，大量存在着挤占、挪用、截留、沉淀现象，其共同的特点是让国家受损害而使部门获利。财政部门只管拨款、不问资金使用去向的现象，已经成为一种相当普遍的现象。（2）中央财政转移支付的专项资金分配环节上，存在着重复设置项目，多头审批，层层截留等严重问题。财政部提交全国人大代表讨论的2003年中央转移支付8000多亿元资金中，竟然有2300多亿元专项支付没有说明具体去向。由此导致一大批政府官员“权力寻租”，甚至直接向项目单位提取一定的所谓“管理费”。中央财政转移支付经过层层“把关”之后，几乎每一笔专款在每一次“把关”中都会出现10%～20%的损耗。
二是转移支付不仅没有缩小公共服务能力差距，相反扩大了。经济发达地区财务情况好，经济落后地区政府的财政能力弱。按一般性转移支付、税收返还和体制补助合计计算，东部获得的财政补助大于中部，中部获得的财政补助大于西部。广东超过350亿元，上海、江苏、浙江超过200亿元，山东和辽宁也超过150亿元。东部只有两个省市的补助低于100亿元；而中西部22个省区市补助超过100亿元的只有6个，补助最多的云南也只有140多亿元。
三是转移支付资金到达农村后，使用效率也极其低下。到达县乡的专项资金，绝大部分用于平衡县乡财政预算；到达农村的项目资金，大多都是干部主持对“资本家”招标，实际30元的项目，招标价格高达百元以上。例如，大别山区一个国家级贫困县近10年间，一共争取到中央财政转移支付专项资金2.4亿元（包括财政贴息扶贫资
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